พระพุทธวิถีนายก มีนามเดิมว่าบุญ เกิดเมื่อวันที่ 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2391 ตรงกับปลายรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ที่ตำบลท่าไม้ อำเภอกระทุ่มแบน จังหวัดสมุทรสาคร เป็นบุตรชายคนโตในจำนวนที่น้อง 6 คนของนายเส็งและนางลิ้ม ตอนเด็กเคยเป็นไข้หนักถึงสลบ บิดามารดาเข้าใจว่าตายแล้ว ขณะเตรียมจะเอาไปฝังได้กลับฟื้นขึ้นมาอีก จึงขนานนามว่า บุญเมื่อบิดาถึงแก่กรรม ป้าของท่านได้นำมาฝากให้อยู่กับพระปลัดทอง วัดคงคาราม (วัดกลางบางแก้ว) อำเภอนครชัยศรี เมื่อมีอายุ 15 ปีจึงบรรพชาเป็นสามเณร และได้อุปสมบท ณ พัทธสีมาเมื่อวันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ. 2412 โดยมีพระปลัดปาน วัดตุ๊กตา เป็นพระอุปัชฌาย์ พระปลัดทอง วัดกลางบางแก้ว พระอธิการทรัพย์ วัดงิ้วราย และพระเกจิอาจารย์อีก 2 ท่าน และได้รับฉายาทางธรรมว่า ขนฺธโชติ